2002年，內蒙院通過了國家認證的質量管理體系。2006年，按照國家標準GB/T19001-2000《質量管理體系要求》、GB/T28001-2001《職業健康安全管理體系規范》、GB/T24001-2004《環境管理體系要求及使用指南》，建立了質量管理、環境管理、職業健康安全管理的“三標一體”綜合管理體系。同年9月，通過北京中電聯質量認證中心有限責任公司的認證，獲得“三標”綜合管理體系證書。至今，內蒙院持續保持了“三標”管理體系認證注冊資格。